Flatpak desteği MX 18 ve sonraki sürümlerde yerleşik olarak gelmektedir. Yalnızca şu talimatları izleyerek Flathub deposunu etkinleştirmeniz gerekir:
MX Paket Yöneticisi'ni açın (menüyü açıp MX Araçları bölümüne bakın), "Flatpaks" sekmesini seçin, depoyu etkinleştirmek için yönetici (root) parolasını girmeniz gerekecektir.
Kurulumu tamamlamak için sisteminizi yeniden başlatın. Artık tek yapmanız gereken uygulamalar indirmeye başlamak!