Suportul pentru Flatpak este integrat începând cu MX 18 și versiunile ulterioare. Este necesar doar să activați depozitul Flathub urmând aceste instrucțiuni:
Deschideți MX Package Installer (deschideți meniul și căutați în MX Tools), selectați fila „Flatpaks”; pentru a activa depozitul, va trebui să introduceți parola de root.
Pentru a finaliza configurarea, reporniți sistemul. Acum nu mai trebuie decât să instalați aplicații!