elementary OS 5.1 og senere versjoner kommer med Flatpak-støtte som standard. For å installere ikke-bekreftede apper, dra til Flathub og installer en app ved å trykke på den store «Installer»-knappen, og last ned «.flatpakref»-filen med Sideload.
Merk: Etter å ha installert en app fra en ekstern kilde som Flathub, kommer alle andre apper fra den kilden til å også dukke opp i AppCenter.