Paigaldamaks Flatpakki Gentoos, ava terminalirakendus ja käivita:
emerge --ask --verbose sys-apps/flatpakFlathub on parim koht Flatpaki rakenduste leidmiseks. Kasutuselevõtmiseks käivita:
flatpak remote-add --if-not-exists flathub https://dl.flathub.org/repo/flathub.flatpakrepoFlatpaki paigaldamise lõpetamiseks käivita arvuti uuesti. Nüüd polegi muud teha, kui hakka rakendusi paigaldama!
Märkus: Flatpaki rakenduste paigaldamise graafiline kasutajaliides ei pruugi Gentoo puhul toimida.