elementary OS 5.1 a novější přichází již s předinstalovanou podporou Flatpaku. Pro neschválené aplikace, se řiďte Flathubem pro instalaci jakékoliv aplikace pomocí velkého tlačítka "Nainstalovat" a otevřete stažený soubor `.flatpakref` pomocí Sideload.
Poznámka: Po instalaci jedné z aplikací ze vzdáleného repozitáře jako je Flathub, se všechny aplikace z daného repositáře zobrazí v Centru aplikací.