Flatpak je predvolene nainštalovaný v systéme T2 SDE od verzie 26.6 – nie je potrebné žiadne nastavenie!
Flatpak je dodávaný s predkonfigurovaným repozitárom Flathub a sú zahrnuté nástroje na integráciu s pracovnou plochou, ktoré umožňujú inštaláciu jedným kliknutím z Flathubu.