Flatpak je v Salix nainštalovaný od verzie 15.0, žiadne ďalšie nastavovanie nie je potrebné!
Spolu s Flatpakom je predkonfigurovaný repozitár Flathub a súčasťou sú aj nástroje pre desktopovú integráciu, umožňujúce inštaláciu z Flathubu jedným kliknutím.