Flatpak je predvolene nainštalovaný v systéme Salix od verzie 15.0 – nie je potrebné žiadne nastavenie!
Flatpak je dodávaný s predkonfigurovaným repozitárom Flathub a sú zahrnuté nástroje na integráciu s pracovnou plochou, ktoré umožňujú inštaláciu jedným kliknutím z Flathubu.