Podpora Flatpak je integrovaná od verzie MX 18 a novších. Je potrebné len aktivovať repozitár Flathub podľa týchto pokynov:
Otvorte MX Package Installer (otvorte ponuku a pozrite sa do MX Tools), vyberte kartu „Flatpaks“ a pre aktiváciu repozitára budete musieť zadať heslo root.
Aby ste dokončili nastavenie, reštartujte váš systém. Teraz už stačí len nainštalovať aplikácie!