O suporte do Flatpak está integrado nas versões do MX 18 e posteriores. Apenas é necessário ativar o repositório Flathub, basta seguir estas instruções:
Abra o Instalador de Pacotes MX (abra o menu e procure em Ferramentas MX), selecione o separador "Flatpaks". Para ativar o repositório irá precisar de inserir a sua palavra-passe de Administrador (root).
Para concluir a configuração, reinicie o seu sistema. Tudo o que precisa de fazer agora é instalar aplicações!