Marknotella voi luoda muotoillun tekstin muistiinpanoja ja järjestää ne muistikirjoiksi. Muistikirjoja voi mukauttaa omilla kuvakkeillaan ja korostusväreillään, jolloin ne on helppo erottaa toisistaan ja säilyttää muistiinpanot käden ulottuvilla. Muistiinpanot tallennetaan tiedostokansioosi Markdown-muodossa, jolloin niitä on helppo käyttää niin Marknotesta kuin sen ulkopuoleltakin.